Rohr auf 200 °C Ober-/ Unterhitze vorheizen. Für die Creme die drei Käsesorten mit einer Gabel zerdrücken, mischen und mit der Hälfte des Thymians verrühren. Mit Salz und Pfeffer würzen.
Teig auf einem Backblech mit dem Backpapier ausrollen. Mit der Käsecreme bestreichen. Rote Rüben in Würfel schneiden und auf dem Flammkuchen verteilen.
Im Rohr (unterste Schiene) ca. 15 Minuten backen, bis der Rand goldbraun und knusprig ist. Mit restlichem Thymian garniert servieren.